Sekretariat Jenderal mempunyai tugas melaksanakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unit organisasi di lingkungan Kementerian Kesehatan.

Berdasarkan Permenkes 64 Tahun 2015, pasal 7 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud diatas, Sekretariat Jenderal menyelenggarakan fungsi :

• koordinasi kegiatan Kementerian Kesehatan;
• koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran Kementerian Kesehatan;
• pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, kepegawaian, keuangan, kerumahtanggaan, kerja sama, hubungan masyarakat, arsip, dan dokumentasi Kementerian Kesehatan;
• pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana;
• koordinasi dan penyusunan peraturan perundang-undangan serta pelaksanaan advokasi hukum;
• penyelenggaraan pengelolaan barang milik negara dan layanan pengadaan barang/jasa;pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.