Sekretariat Jenderal mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, serta pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian.

Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 21 Tahun 2024 Pasal 10, dalam melaksanakan tugas tersebut, Sekretariat Jenderal menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

  1. Koordinasi kegiatan Kementerian;
  2. Koordinasi dan penyusunan rencana, program, serta anggaran Kementerian;
  3. Pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, sumber daya manusia, keuangan, kerumahtanggaan, kerja sama, hubungan masyarakat, arsip, dan dokumentasi Kementerian;
  4. Pembinaan dan penataan organisasi serta tata laksana;
  5. Koordinasi dan penyusunan peraturan perundang-undangan serta pelaksanaan advokasi hukum;
  6. Koordinasi dan penyelenggaraan pengelolaan barang milik negara/kekayaan negara serta pengelolaan pengadaan barang/jasa; dan
  7. Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.