Sekretariat Jenderal mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian.

Berdasarkan Permenkes 21 Tahun 2024, pasal 9 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud diatas, Sekretariat Jenderal menyelenggarakan fungsi :

• koordinasi kegiatan Kementerian;
• koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran Kementerian;
• pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, sumber daya manusia, keuangan, kerumahtanggaan, kerja sama, hubungan masyarakat, arsip, dan dokumentasi Kementerian;
• pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana;
• koordinasi dan penyusunan peraturan perundangundangan serta pelaksanaan advokasi hukum;
• koordinasi dan penyelenggaraan pengelolaan barang milik/kekayaan negara dan pengelolaan pengadaan barang/jasa; dan
• pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.